Historia naszego Zakonu sięga XIX wieku. Zanim siostry stały się duchowymi córkami św. Klary (co dokonało się w XX w.), najpierw św. Franciszek był dla nich Ojcem i Wzorem, za którym pierwsze osoby postanowiły pójść. Zakon Franciszkanek Najświętszego Sakramentu – jak pierwotnie brzmiała nazwa – został założony w XIX w przez o. Bonawenturę Heurlaut OFMCap. I Józefinę Bouillevaux. W 1846 r. w Maizieres, z inicjatywy ks. Heurlaut – proboszcza parafii – powstała wspólnota Sióstr od Niepokalanego Poczęcia NMP, których celem była praca pedagogiczna z młodzieżą. Po kilku latach, gdy już kapłan wdział habit kapucynów, wspólnota przeniosła się do Paryża i tam też 15 XII 1854 r. Józefina wraz z trzema pierwszymi towarzyszkami, przyjęła z rąk o. Bonawentury habit zakonny przyjmując imię s. Maria od św. Klary. Józefina została przełożoną nowej wspólnoty – Franciszkanek NS. Ten dzień tradycja uznaje za początek naszego Zakonu. Rok później, 16 VI, s. Maria złożyła pierwszą zakonną profesję według Reguły Trzeciego Zakonu św. Franciszka i własnych konstytucji. w sierpniu nastąpiła zmiana nazwy wspólnoty Sióstr od Niepokalanego Poczęcia NMP na Franciszkanki Najświętszego Sakramentu, które obrały kontemplacyjny rodzaj życia, a głównym celem uczyniły adorację Najświętszego Sakramentu w duchu dziękczynienia. Wieczysta adoracja w naszym Zakonie rozpoczęła się 2 VIII 1856 r. w Troyes, dokąd w międzyczasie siostry przeniosły konwent.

Do Polski Franciszkanki Najświętszego Sakramentu zostały przeszczepione przez s. Marię od Krzyża Morawską. Ludwika Morawska najpierw wstąpiła do Ss. Felicjanek, jednak po kasacie tego Zgromadzenia  w 1864 r. i krótkim pobycie w klasztorze bernardynek w Łowiczu, następnie u sióstr klarysek w Wersalu, znalazła schronienie w Troyes, u Sióstr Franciszkanek NS, gdzie wraz ze współsiostrą Marianną Ładą, przybyła 25 VII 1866 r. To tu Ludwika otrzymała imię Maria od Krzyża, a Marianna przybrała imię s. Marii od Wcielenia. S. Maria od Krzyża na realizację swego marzenia nie musiała długo czekać. Już 20 V 1870 r. papież Pius IX zezwolił na założenie nowej fundacji w Wielkim Księstwie Poznańskim. 28 IV 1871 r. siedmioosobowa grupa udała się do Poznania, gdzie ostatecznie dotarły 4 V 1871 r. Początkowo siostry zatrzymały się w pałacu Działyńskich ,gdyż dom w Granowie, w którym miały zamieszkać, nie był jeszcze gotowy. Ostatecznie jednak siostry – 24 X 1872 r. – opuściły Granowo i przeniosły się do Gniezna. Konwent liczył już 12 członkiń. Stanął jednak wobec poważnego problemu, jakim była zaborcza polityka związana z Kulturkampfem na terenie Prus. 30 V 1873 r. Siostry otrzymały dekret Ministerstwa Wyznań Religijnych, Oświaty i Zdrowia skazujący je na wygnanie. 17 XI 1873 siostry opuściły Wielkie Księstwo Poznańskie i udały się do Lwowa, który znajdował się w zaborze austriackim. Początkowo siostry zamieszkały w klasztorze na Rurach. 10 XII 1873 r. abp F.K. Wierzchlejski zainaugurował uroczyste wystawienie Najświętszego Sakramentu. Wieczysta adoracja we Lwowie trwała aż do 1946 r. Po jeszcze dwóch przeprowadzkach, siostry ostatecznie osiedliły się na ul. Kurkowej. Erekcja domu miała miejsce 30 VII 1879 r. Siostry wybudowały również kościół pw. Najświętszego Serca Jezusa (konsekrowany w 1889 r)

Siostry, korzystając z ustabilizowanej sytuacji we Lwowie i posiadając wystarczającą liczbę sióstr w klasztorze, postanowiły zakładać kolejne fundacje. Pierwszą chronologicznie powstała w Mariborze (Marburg) w 1893r. Rok później rozpoczęła się wieczysta adoracja. Dom jednak został zlikwidowany w 1902r.  Drugi klasztor na terenie Austrii powstał we Wiedniu w 1896r., gdzie dwa lata później,  siedem sióstr rozpoczęło adorację. Ten konwent cieszył się pomyślnym rozwojem, a adoracji nie przerwały nawet wojny światowe. W 1908 r. został założony dom w Pradze Czeskiej, skąd siostry w 1912 r. przeniosły się do Gniezna, a niedługo potem do Bydgoszczy. 2 XI 1925 r. nastąpiła kanoniczne erekcja tego konwentu. W 1910 r.  pojawiła się możliwość założenia nowej fundacji na terenie zaboru austriackiego. Z propozycją wyszły ss. Kapucynki z Kęt w diecezji krakowskiej, które zmuszone sytuacją prosiły o wcielenie ich do zakonu Franciszkanek NS. Akt inkorporacji nastąpił 10 II 1910 r.

W 1912 r. Franciszkanki Najświętszego Sakramentu (oprócz klasztoru w Troyes) przeszły do II Zakonu św. Franciszka przyjmując Regułę Zakonu św. Klary zatwierdzoną przez papieża Urbana IV. Przeoczono jednak ten fakt w nazewnictwie i dopiero w 1972 r. zmieniona nazwę zakonu na „Klaryski”. W 1955 r. klasztory w Polsce utworzyły federację. W 1984 r. Klaryski od Wieczystej Adoracji na całym świecie przyjęły Regułę św. Klary zatwierdzoną przez papieża Innocentego IV w 1253 r.